Sebuah dokumen Pensil diatur berlapis-lapis. Saat ini ada
empat jenis lapisan: gambar bitmap, suara dan kamera. Jendela Time Line di
bagian bawah layar menunjukkan lapisan yang ada. Secara default, dokumen baru
berisi lapisan bitmap dan lapisan vektor di atasnya, tetapi Anda dapat menambah
dan menghapus lapisan seperti yang anda inginkan (baik menggunakan tombol atau
di samping "Layers", atau menu Layer).
Menu layer
Nama-nama lapisan dapat diubah untuk mewakili apa yang telah
Anda masukkan ke dalam masing-masing dengan mengklik dua kali pada nama layer
pada timeline. Sebuah jendela akan muncul, memungkinkan Anda untuk mengedit
nama layer. Klik OK bila Anda telah berubah ke nama yang Anda inginkan dan nama
baru akan muncul di timeline.